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In diesem Projekt sollen neue, überlappend Protein-codierende DNA-Sequenzen aus Prokaryoten beschrieben werden. Des Weiteren möchten wir die solchen Genen zugrunde liegenden Mechanismen der Evolution und Expression mit Hilfe von Modellen aus der Informations- und Kommunikationstheorie verstehen. Hierzu kooperieren wir mit dem Lehrstuhl „Datenanalyse und Visualisierung“ von Prof. D. Keim an der Universität Konstanz und dem Lehrstuhl “Telecommunications and Applied Information Theory“ von Prof. M. Bossert an der Universität Ulm. |
| Überlappende Gene sind vor allem von Viren bekannt, in bakteriellen Genomen galten sie bisher als selten. Doch die tatsächliche Zahl dieser Gene, sowie antisense-Transkripte zur spezifischen Genregulation, ist unbekannt. Des Weiteren sind in bakteriellen Genomen viele Gene nur als „hypothetisch“ oder „unbekannt“ annotiert; diese sind zum Teil taxonomisch begrenzt vorkommende Gene, da sie nur in einer oder wenigen Arten vorkommen. Wir untersuchen das Transkriptom und Proteom von Krankheitserregern mittels moderner Hochdurchsatz-Methoden unter einer großen Diversität von Wachstumsbedingungen, die an mögliche Umweltbedingungen angelehnt sind. Die anschließende Charakterisierung der neuen Transkripte und Genprodukte aus den Krankheitserregern ist nötig, um deren pathogenes Potential und ihre Umweltpersistenz besser verstehen zu können. |
| Enterohämorrhagische E. coli’s (EHEC) wurden erstmals 1982 in Amerika entdeckt. Sie verursachen schwere Lebensmittelvergiftung und zum Teil ein sogenanntes hämolytisch- urämisches Syndrom (Nierenversagen). Viele Details der Virulenzgene und der Wirt-Bakterium-Interaktionen wurden bisher aufgedeckt, doch relativ wenig ist über die Gene bekannt, die es EHEC ermöglichen, außerhalb eines Wirtes in der Umwelt zu persistieren. Studien an anderen Bakterien aus der Umwelt zeigten, daß eine Reihe von Genen nur unter nicht-Laborbedingungen aktiv ist. In Zusammenarbeit mit den Kooperationspartnern wird nach vielversprechenden neuen und bisher hypothetischen offenen Leserahmen gesucht. Diese werden mutiert und anschließend die Mutanten auf ihren Phänotyp hin untersucht. |
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Ausschnitt aus dem Genom des Bakteriums Escherichia coli O157:H7 mit eingezeichneten Genen (weiße Pfeile). Hier befindet sich eines der wenigen bekannten, vollständig überlappenden Genepaare aus diesem Bakterium (htgA / Z0011). |
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Paper
Acid shock of Listeria monocytogenes at low environmental temperatures induces pfrA, epithelial cell invasion, and lethality towards Caenorhabiditis elegans (Mai 2013)
Kurzbericht zu FEI Projekt 16012
Emerging Spores
Paper
Bacillus gottheilii sp. nov., isolated from a pharmaceutical manufacturing site (März 2013)
Paper
Listeria Weihenstephanensis sp.nov., isolated from the water plant Lemna trisulca taken from a freshwater pond (Febr. 2013)
Paper
Naumannella halotolerans gen. nov., sp.nov., a Gram-positive coccus of the family Probionibacteriaceae isolated from a pharmaceutical clean room and from food (Dez. 2012)
Paper
Mass spectrometric profiling of Bacillus cereus strains and quantitation of the emetic toxin cereulide by means of stable isotope dilution analysis and HEp-2 bioassay (Oktober 2012)
Paper
Predicting statistical properties of open reading frames in bacterial genomes (Sept. 2012)
Paper
CodY orchestrates the expression of virulence determinants in emetic Bacillus cereus by impacting key regulatory circuits (August 2012)
Paper
Psychroflexus halocasei sp.nov., isolared from a microbial consortium on a cheese (August 2012)
Forschungsbericht
Emetische Toxinproduktion von Bacillus cereus in ausgewählten Lebensmitteln: Mechanismen und Präventionsmöglichkeiten
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